Công đoàn khối Hành chính

1. Vụ Khoa học xã hội và tự nhiên
2. Vụ KH&CN các ngành kinh tế - kỹ thuật
3. Vụ Đánh giá, Thẩm định và Giám định công nghệ
4. Vụ Công nghệ cao
5. Vụ Kế hoạch - Tài chính
6. Vụ Hợp tác quốc tế
7. Vụ Tổ chức cán bộ
8. Thanh tra
9. Văn phòng Đảng uỷ - Văn phòng Công đoàn
10. Vụ Pháp chế
11. Văn phòng Bộ
12. Tổng cục Tiêu chuẩn đo lường chất lượng
13. Cục Sở hữu trí tuệ
14. BQL khu CNC Hoà Lạc
15. Cục Kiểm soát an toàn bức xạ và Hạt nhân
16. Văn phòng các chương trình trọng điểm cấp Nhà nước
17. Cục ứng dụng và phát triển công nghệ

Công đoàn khối Sự nghiệp

1. Viện Chiến lược và Chính sách KH&CN
2. Viện Năng lượng nguyên tử Việt Nam
3. Viện Ứng dụng công nghệ
4. Trung tâm Thông tin KH&CN Quốc gia
5. Trường Nghiệp vụ quản lý KH&CN
6. Trung tâm Tin học
7. Báo Khoa học và Phát triển.
8. Tạp chí  Hoạt động khoa học
9. Tạp chí Tia sáng
10. Trung tâm  Nghiên cứu và phát triển vùng
11. Văn phòng phối hợp phát triển môI trường KHCN
12. Trung tâm  Hỗ trợ đánh giá KHCN
13. Văn phòng Hội đồng chính sách KHCN
14. Viện Khoa học Sở hữu trí tuệ
15. Quỹ  Phát triển KH&CN Quốc gia

Công đoàn khối doanh nghiệp

1. Công ty Cổ phần FPT
2. Công ty Nacenimex
3. Công ty Emeco
4. Công ty Cổ phần Mitec
5. Công ty Investip
6. Công ty Technimex
7. Nhà xuất bản KHKT