Văn phòng Công đoàn Bộ là cơ quan giúp việc cho Ban chấp hành (BCH), chịu sự chỉ đạo của BCH thông qua Ban thường vụ (BTV), chịu sự hướng dẫn nghiệp vụ của Công đoàn Viên chức Việt Nam và  có chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức như sau:

Chức năng:

  Văn phòng Công đoàn Bộ KH&CN có chức năng nghiên cứu, tham mưu, tổng hợp, theo dõi đôn đốc việc thực hiện chương trình công tác, thực hiện quản lý hành chính, phục vụ sự chỉ đạo, điều hành của Ban Thường vụ và hoạt động của cơ quan Bộ.

Nhiệm vụ:

- Tổ chức thực hiện công tác hành chính, tiếp nhận công văn, thư, báo... hàng ngày; trình Thường trực( Chủ tịch và phó Chủ tịch) xử lý công văn, thư, điện... để chuyển tới cá nhân, ban, đơn vị nghiên cứu, tham mưu đề xuất. 

- Xây dựng và sắp xếp chương trình, địa điểm các cuộc họp và làm việc của Ban Thường vụ, Thường trực; giúp Ban Thường vụ, Thường trực theo dõi đôn đốc việc thực hiện chương trình công tác của BCH và của các ban.

- Theo dõi, tổng hợp tình hình tổ chức triển khai thực hiện các Nghị quyết, Quyết định của CĐVC; của Ban Chấp hành, Ban Thường vụ và hoạt động của các công đoàn trực thuộc; chuẩn bị các báo cáo của Ban Chấp hành, Ban Thường vụ.

- Theo dõi, kiểm tra việc thực hiện nội quy cơ quan Bộ, các bản quy chế, quy định nội bộ phục vụ công tác quản lý hành chính văn phòng CĐBộ.

- Ghi biên bản và ra thông báo các Hội nghị của Ban Chấp hành, Ban Thường vụ hoặc thảo các quyết định theo yêu cầu của Thường trực, Ban Thường vụ. Thống nhất quản lý các văn bản và chịu trách nhiệm về tính pháp lý của văn bản do Ban Chấp hành, Ban Thường vụ ban hành.

- Tổ chức thực hiện công tác hành chính, văn thư lưu trữ theo đúng quy định của Nhà nước và Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Tổ chức phục vụ công tác thông tin, tư liệu, số liệu thống kê phục vụ cho công tác nghiên cứu và chỉ đạo của Công đoàn Bộ.

- Lập dự toán về tài chính đảm bảo các hoạt động quản lý hành chính của BCH, BTV và của Văn phòng công đoàn Bộ theo quy định của Nhà nước, của Tổng liên đoàn LĐVN. 

- Là đầu mối giúp Ban Thường vụ nghiên cứu, tiếp cận, phát triển quan hệ đối ngoại với các công đoàn thuộc hệ thống công đoàn Viên chức Việt Nam; tổ chức thực hiện công tác đối ngoại do Ban Thường vụ Công đoàn Bộ giao.

- Phối hợp với các Ban, các bộ phận có liên quan trong công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ công đoàn.

Cơ cấu lãnh đạo Văn phòng Công đoàn Bộ:

Văn phòng Công đoàn Bộ có 01 đ/c Chánh văn phòng. Chánh Văn phòng Công đoàn Bộ có trách nhiệm trước BCH, BTV về các hoạt động cũng như hiệu quả hoạt động của Văn phòng Công đoàn Bộ theo sự phân công của BTV.